Equus caballus      Nuclear speckle


※ Nuclear speckle introduction

    Nuclear speckles or splicing speckles, also known as interchromatin granule clusters, are membrane-less nuclear organelles enriched in pre-mRNA splicing and transcription factors and play important roles in RNA metabolism, such as transcription, pre-mRNA splicing, 3′-end mRNA processing, and execution of mRNA nuclear export (1; 2). They are dynamic subnuclear structures, and their size, shape, and number can vary accompanied with RNA regulation, nuclear speckles disperse in high activity of mRNA processing when transcription or pre-mRNA splicing is inhibited, GSK-3β can regulate assembly of nuclear speckles (2). Because many naturally intronless mRNAs, including eight exogenously expressed and four endogenous ones, are proved to be associate with NSs, So Nuclear speckles (NSs) are thought to serve as splicing factor storage sites (3).

Reference
1. Lee, K. H., Zhang, P., Kim, H. J., Mitrea, D. M., Sarkar, M., Freibaum, B. D., et al. (2016) C9orf72 Dipeptide Repeats Impair the Assembly, Dynamics, and Function of Membrane-Less Organelles. Cell, 167(3), 774-788 e717. PMID: 27768896
2. Wang, K., Wang, L., Wang, J., Chen, S., Shi, M., & Cheng, H. (2018) Intronless mRNAs transit through nuclear speckles to gain export competence. J Cell Biol, 217(11), 3912-3929. PMID: 30194269
3. An, Y., Zou, Y., Cao, Y., Yao, M., Ma, N., Wu, Y., et al. (2019) The nuclear GSK-3beta regulated post-transcriptional processing of mRNA through phosphorylation of SC35. Mol Cell Biochem, 451(1-2), 55-67. PMID: 30030778


There are 115 genes.  Reviewed (0 or Unreviewed (115

No.StatusDrLLPS IDEnsemble Gene IDUniProt AccessionGene Name
1
LLPS-Eqc-0234
ENSECAG00000034241.1
2
LLPS-Eqc-0378
ENSECAG00000005064.2
3
LLPS-Eqc-0562
ENSECAG00000020259.2
4
LLPS-Eqc-1167
ENSECAG00000013936.2
F7BMY5
5
LLPS-Eqc-1372
ENSECAG00000031050.1
6
LLPS-Eqc-1883
ENSECAG00000008927.2
7
LLPS-Eqc-2179
ENSECAG00000033515.1
8
LLPS-Eqc-2812
ENSECAG00000001411.2
9
LLPS-Eqc-3299
ENSECAG00000007115.2
10
LLPS-Eqc-2747
ENSECAG00000006078.2
F7BU40
AGO2
11
LLPS-Eqc-4680
ENSECAG00000022295.2
F6YZR5
AKAP17A
12
LLPS-Eqc-0460
ENSECAG00000018754.2
F7BPE3
ALYREF
13
LLPS-Eqc-3743
ENSECAG00000024897.2
F6PR34
ANXA10
14
LLPS-Eqc-0500
ENSECAG00000012670.2
F6ZI51
ANXA2
15
LLPS-Eqc-0106
ENSECAG00000023197.2
F6VBC1
ARL6IP4
16
LLPS-Eqc-3753
ENSECAG00000013285.3
F6T1S2
ATR
17
LLPS-Eqc-1077
ENSECAG00000021026.2
F6TRS1
BCAS2
18
LLPS-Eqc-3290
ENSECAG00000018958.2
F7B164
C25H9orf78
19
LLPS-Eqc-1542
ENSECAG00000013563.2
F7AEV0
CARM1
20
LLPS-Eqc-2666
ENSECAG00000019947.2
F7BTY7
CASC3
21
LLPS-Eqc-4062
ENSECAG00000008851.2
F6RX72
CCNL1
22
LLPS-Eqc-0171
ENSECAG00000010081.2
F6QKZ0
CDC5L
23
LLPS-Eqc-0411
ENSECAG00000009716.2
F6ZNV2
CDK1
24
LLPS-Eqc-3675
ENSECAG00000014570.2
F7DTX6
CDK7
25
LLPS-Eqc-3855
ENSECAG00000007965.2
F6V4K1
CDK9
26
LLPS-Eqc-0991
ENSECAG00000007008.2
F7BV09
CDKL5
27
LLPS-Eqc-2595
ENSECAG00000021471.2
F6YYR1
CLK2
28
LLPS-Eqc-3263
ENSECAG00000013304.2
F7BNS9
COP1
29
LLPS-Eqc-2178
ENSECAG00000004882.2
F6SHV6
CSNK1A1
30
LLPS-Eqc-3220
ENSECAG00000017144.2
F6RVP9
CTNNBL1
31
LLPS-Eqc-0932
ENSECAG00000007750.2
F6UMA1
DDX39B
32
LLPS-Eqc-1843
ENSECAG00000018217.2
F7A0T9
DDX46
33
LLPS-Eqc-1250
ENSECAG00000009295.2
H9GZU7
DGCR8
34
LLPS-Eqc-2883
ENSECAG00000020066.2
F7CKI0
DNAJB1
35
LLPS-Eqc-1736
ENSECAG00000019839.2
F7DE12
DNAJC17
36
LLPS-Eqc-2952
ENSECAG00000021642.2
F6XIC1
DYRK3
37
LLPS-Eqc-4443
ENSECAG00000010741.2
F7B762
EGF
38
LLPS-Eqc-1289
ENSECAG00000019178.2
F7AUD4
ERH
39
LLPS-Eqc-0625
ENSECAG00000008605.2
F6WSU9
EZH1
40
LLPS-Eqc-1886
ENSECAG00000005330.2
F6ZFT0
FAM76B
41
LLPS-Eqc-2417
ENSECAG00000018519.2
F7A2J7
FANCD2
42
LLPS-Eqc-4220
ENSECAG00000003235.2
F6ZAA0
FANCI
43
LLPS-Eqc-1468
ENSECAG00000018678.2
F7A0G9
FBXL18
44
LLPS-Eqc-3538
ENSECAG00000015006.2
F6V0E6
FGFR1
45
LLPS-Eqc-3611
ENSECAG00000019051.2
F7B5A3
FYTTD1
46
LLPS-Eqc-2418
ENSECAG00000009281.2
F6XL68
GLI3
47
LLPS-Eqc-0959
ENSECAG00000024935.2
F6SA86
GSK3B
48
LLPS-Eqc-2016
ENSECAG00000015597.2
F6VG41
HIF1A
49
LLPS-Eqc-4015
ENSECAG00000020693.2
F6VIH7
HIF3A
50
LLPS-Eqc-0010
ENSECAG00000008676.2
F6YZ44
HNRNPA1
51
LLPS-Eqc-0215
ENSECAG00000000782.2
F6VYB1
HNRNPA2B1
52
LLPS-Eqc-2228
ENSECAG00000025104.2
F6Q4Q1
HNRNPK
53
LLPS-Eqc-3535
ENSECAG00000018428.2
F6Z9A2
HSPH1
54
LLPS-Eqc-1367
ENSECAG00000008567.2
F6R7X1
ILF2
55
LLPS-Eqc-2216
ENSECAG00000017640.2
F6QJC7
ILF3
56
LLPS-Eqc-1950
ENSECAG00000018870.2
F7BSS6
IVNS1ABP
57
LLPS-Eqc-2784
ENSECAG00000000792.2
F6T2F7
LUC7L
58
LLPS-Eqc-0552
ENSECAG00000020821.2
F6T5G1
MAGOH
59
LLPS-Eqc-2723
ENSECAG00000013331.2
F7AGH6
NAGK
60
LLPS-Eqc-2268
ENSECAG00000008502.2
F6UBF6
NONO
61
LLPS-Eqc-2465
ENSECAG00000010590.2
F6SN22
NOSIP
62
LLPS-Eqc-3030
ENSECAG00000013752.2
Q9GKL2
NR5A1
63
LLPS-Eqc-2239
ENSECAG00000017076.2
F6XZE0
NSRP1
64
LLPS-Eqc-0303
ENSECAG00000014699.2
F7CT10
NUAK2
65
LLPS-Eqc-1478
ENSECAG00000010671.2
F6T0J0
OGG1
66
LLPS-Eqc-4174
ENSECAG00000023154.2
F6T4Y5
P2RY12
67
LLPS-Eqc-3423
ENSECAG00000011652.2
F7BFS3
PABPN1
68
LLPS-Eqc-2916
ENSECAG00000014258.2
F7DP19
PLRG1
69
LLPS-Eqc-2298
ENSECAG00000011899.2
F6TER4
PNN
70
LLPS-Eqc-2514
ENSECAG00000018538.2
F7AW99
PPIG
71
LLPS-Eqc-2967
ENSECAG00000007322.2
F7CE01
PRPF19
72
LLPS-Eqc-1582
ENSECAG00000021318.2
F6RNK0
PRPF8
73
LLPS-Eqc-4570
ENSECAG00000011509.2
F7ANR3
PSMA3
74
LLPS-Eqc-0693
ENSECAG00000017286.2
F7AH65
PSPC1
75
LLPS-Eqc-0043
ENSECAG00000018845.2
F6UGL6
PTBP1
76
LLPS-Eqc-3479
ENSECAG00000018775.2
F7DYV5
RAPGEF1
77
LLPS-Eqc-1173
ENSECAG00000001379.2
F6WU24
RBM17
78
LLPS-Eqc-0563
ENSECAG00000009910.2
F7BCQ3
RBM23
79
LLPS-Eqc-0658
ENSECAG00000008257.2
F6VI89
RBMX2
80
LLPS-Eqc-1636
ENSECAG00000008953.2
F6RGF7
RNF151
81
LLPS-Eqc-1828
ENSECAG00000023288.2
F6U567
RNPS1
82
LLPS-Eqc-3308
ENSECAG00000000708.2
F6VDU3
SARNP
83
LLPS-Eqc-3871
ENSECAG00000024544.2
F6QXS3
SF1
84
LLPS-Eqc-3298
ENSECAG00000023962.2
F6Y642
SF3A1
85
LLPS-Eqc-1922
ENSECAG00000017333.2
F6SQ60
SF3A3
86
LLPS-Eqc-0270
ENSECAG00000021657.2
F6WZ50
SF3B1
87
LLPS-Eqc-2099
ENSECAG00000000642.2
F7C177
SFPQ
88
LLPS-Eqc-3457
ENSECAG00000019675.2
F7E0H9
SNRNP200
89
LLPS-Eqc-3527
ENSECAG00000006080.2
F6ZAD8
SNRNP35
90
LLPS-Eqc-2324
ENSECAG00000013141.2
F6ZVU0
SNRPA
91
LLPS-Eqc-1328
ENSECAG00000019639.2
F7BUX8
SNRPA1
92
LLPS-Eqc-0653
ENSECAG00000018407.2
F7AAY0
SNRPB2
93
LLPS-Eqc-0595
ENSECAG00000018098.2
F7DA69
SON
94
LLPS-Eqc-4551
ENSECAG00000018287.2
F7A1J9
SPOP
95
LLPS-Eqc-2874
ENSECAG00000011612.2
F7APA1
SRRM2
96
LLPS-Eqc-2624
ENSECAG00000016654.2
F6YHN4
SRSF1
97
LLPS-Eqc-2294
ENSECAG00000023709.2
F7BX73
SRSF10
98
LLPS-Eqc-2757
ENSECAG00000017756.2
F6R3Q3
SRSF11
99
LLPS-Eqc-2700
ENSECAG00000018741.2
F7AVB5
SRSF3
100
LLPS-Eqc-0763
ENSECAG00000021350.2
F6QYC5
SRSF4
101
LLPS-Eqc-0618
ENSECAG00000008664.2
F6SCL4
SRSF7
102
LLPS-Eqc-2080
ENSECAG00000009116.2
F6YE64
SRSF9
103
LLPS-Eqc-3915
ENSECAG00000016439.2
F6Z6Y4
STAT3
104
LLPS-Eqc-0119
ENSECAG00000024693.2
F6SYG5
SUMO1
105
LLPS-Eqc-1576
ENSECAG00000022610.2
F6TVN9
TAP1
106
LLPS-Eqc-4350
ENSECAG00000004757.2
F7DAS1
TGFBR1
107
LLPS-Eqc-1382
ENSECAG00000012701.2
F6QL56
TRA2B
108
LLPS-Eqc-3304
ENSECAG00000014616.2
F7C0B1
TTC14
109
LLPS-Eqc-0179
ENSECAG00000010110.2
F6RTT8
U2AF2
110
LLPS-Eqc-0129
ENSECAG00000022460.2
F6VVF0
U2SURP
111
LLPS-Eqc-1700
ENSECAG00000024920.2
F6S8L9
XPO1
112
LLPS-Eqc-0613
ENSECAG00000018303.2
F6ZA01
YTHDC1
113
LLPS-Eqc-2427
ENSECAG00000000042.2
F7CZM7
ZC3H11A
114
LLPS-Eqc-4393
ENSECAG00000023311.2
F6USF3
ZNF106
115
LLPS-Eqc-1051
ENSECAG00000019558.2
F7DY61
ZNF131