• Disorder▼
  • Domain▼
  • PTM▼
  • Variation▼
  • Mutation▼
  • Interaction▼
  • Disease▼
  • Drug▼
  • Physicochemical▼
  • Function▼
  • Proteomics▼
  • Structure▼
  • Localization▼
  • Expression▼
  • Element▼
  • Methylation▼

LLPS-Brr-2317

Integrated Annotations

▼ OVERVIEW

Status: Unreviewed
Protein Name: Polyadenylate-binding protein
Ensembl Gene: Bra032172
Ensembl Protein: Bra032172.1-P
Organism: Brassica rapa
Taxa ID: 51351
LLPS Type: Others


▼ PROPERTY


——— Disorder propensity (calculated by IUPred2A)

▼ Classification

Condensates:
CondensateEvidenceOrthologs
P-bodyPredicted from orthologs(View)

▼ FUNCTION

Binds the poly(A) tail of mRNA.

▼ CROSS REFERENCE

DatabaseNucleotide IDProtein ID
EnsemblBra032172.1Bra032172.1-P
UniProtM4ETP0, M4ETP0_BRARP

▼ SEQUENCE

Protein Sequence (FASTA)
1     MAQVQAQAPS  SSSPPPVTDG  TVASDGVNLG  AMCSLYVGDL  DFNVTDSQLY  DYFTEVCQVV  60
61    SVRVCRDTAT  NTSLGYGYVN  YSNIDDAEKA  LKKLNYTSLN  GKMIRVTYSS  RDSAARRSGI  120
121   GNLFIKNLDK  SVDNKTLHET  FSPCGSIVSC  KVATDHMGQS  KGYGFVQFES  EDSAKSAIEK  180
181   LNGKILNDKQ  IFVGPFLKKE  ERESAADKMK  FTNVYVKNLS  ETTTDDELKS  TFGQYGGISS  240
241   AVVMRDGDGR  SRCFGFVNFE  NAEDAARAVL  GLNGEKFDDK  EWYVGKAQKK  SERELELSRR  300
301   YEQGARETGN  SFDGLNLYVK  NLDDTVTDEK  LRELFAEFGT  ITSCKVMRDP  SGASKGSGFV  360
361   AFSAASEASR  VLNEMNGKMV  SGKPLYVSLA  QRKEERRAKL  QAQFSQMRPA  FIPGMGPRMP  420
421   MFPGGAPGQQ  FFYGQGPPQM  IPHQAGFGYQ  PQMVPGMRPG  YFGPMMQPGQ  QGPRPGGRRS  480
481   GDGPMRHQPQ  QPMPFMQPQM  MAGGGRGYRY  PRGRNMPDGP  MPGGMVPFPY  DINGMPLGQP  540
541   MSAGALASSL  SQASPAQQRT  ILGETLYPLV  NKIEHENAAK  VTGMLLEMDQ  TEVLHLIESP  600
601   EALNAKVSEA  LDVLRNVNQP  TQGSEGKSGS  PSGMMAALSI  NDHL  644
Nucleotide CDS Sequence (FASTA)
1     ATGGCTCAGG  TTCAAGCTCA  GGCCCCTTCG  TCATCCTCTC  CTCCTCCGGT  TACAGATGGC  60
61    ACGGTGGCTT  CTGACGGAGT  GAATCTCGGC  GCCATGTGTT  CCCTCTACGT  CGGAGATCTG  120
121   GATTTTAACG  TGACCGATTC  TCAGCTCTAC  GACTATTTCA  CCGAGGTCTG  CCAAGTCGTG  180
181   TCCGTTCGCG  TTTGCCGCGA  CACCGCCACC  AACACTTCTC  TTGGATACGG  CTACGTCAAC  240
241   TACAGCAACA  TCGATGATGC  GGAGAAGGCA  CTGAAGAAGC  TAAACTATAC  TAGTCTCAAC  300
301   GGGAAGATGA  TTAGGGTTAC  TTACTCTTCT  CGTGACTCTG  CTGCTCGTAG  AAGTGGGATT  360
361   GGGAACCTAT  TCATCAAGAA  TCTTGACAAG  TCTGTTGACA  ACAAGACGCT  TCACGAGACG  420
421   TTTTCACCGT  GTGGGAGTAT  TGTGTCGTGT  AAGGTCGCTA  CTGATCACAT  GGGTCAGTCC  480
481   AAAGGCTACG  GCTTTGTGCA  GTTTGAGAGT  GAGGACTCAG  CTAAGAGCGC  TATTGAGAAG  540
541   CTGAACGGGA  AGATTCTGAA  CGATAAGCAG  ATCTTCGTTG  GACCCTTTCT  CAAGAAGGAG  600
601   GAGAGAGAGT  CTGCTGCTGA  TAAGATGAAG  TTCACCAACG  TCTACGTGAA  GAATCTCTCG  660
661   GAGACTACTA  CTGACGATGA  GCTGAAGAGT  ACTTTTGGTC  AGTACGGTGG  CATCTCAAGC  720
721   GCTGTGGTTA  TGAGGGACGG  AGATGGGAGG  TCGAGGTGTT  TCGGGTTTGT  TAACTTTGAG  780
781   AATGCTGAAG  ACGCGGCTCG  TGCTGTTTTG  GGGCTTAACG  GGGAGAAGTT  CGATGATAAG  840
841   GAGTGGTATG  TAGGGAAAGC  TCAGAAGAAG  TCTGAGAGGG  AGCTTGAGTT  GAGCAGGAGG  900
901   TATGAGCAAG  GCGCGAGGGA  GACGGGGAAC  AGTTTCGATG  GGTTGAATCT  GTATGTTAAG  960
961   AATCTTGATG  ATACTGTTAC  TGATGAGAAG  TTGCGTGAGC  TGTTTGCTGA  GTTTGGTACT  1020
1021  ATTACTTCTT  GCAAGGTTAT  GCGAGACCCT  AGTGGTGCTA  GCAAAGGATC  AGGGTTTGTT  1080
1081  GCCTTCTCAG  CTGCCAGTGA  AGCTTCAAGA  GTCCTGAATG  AAATGAATGG  TAAAATGGTT  1140
1141  AGTGGCAAAC  CGTTGTATGT  TTCTCTTGCA  CAACGGAAGG  AAGAAAGAAG  GGCTAAGCTG  1200
1201  CAGGCACAGT  TTTCTCAGAT  GAGACCTGCC  TTTATCCCCG  GTATGGGTCC  TCGTATGCCA  1260
1261  ATGTTCCCAG  GTGGTGCTCC  AGGACAGCAG  TTTTTTTACG  GTCAAGGACC  TCCACAAATG  1320
1321  ATCCCTCACC  AGGCTGGATT  CGGATATCAG  CCTCAGATGG  TTCCTGGCAT  GAGGCCAGGC  1380
1381  TATTTCGGCC  CGATGATGCA  GCCAGGTCAG  CAAGGGCCAC  GACCAGGTGG  AAGACGGTCA  1440
1441  GGTGATGGAC  CCATGCGCCA  TCAGCCTCAG  CAACCCATGC  CCTTTATGCA  GCCACAGATG  1500
1501  ATGGCAGGAG  GAGGACGTGG  ATACCGTTAC  CCTCGTGGCA  GAAACATGCC  AGACGGTCCA  1560
1561  ATGCCAGGAG  GAATGGTTCC  ATTTCCTTAT  GACATTAATG  GAATGCCTCT  TGGTCAGCCT  1620
1621  ATGTCTGCTG  GTGCATTGGC  TTCTTCTCTT  TCTCAAGCCT  CACCTGCTCA  GCAAAGAACA  1680
1681  ATTCTGGGTG  AGACTCTGTA  CCCATTAGTG  AACAAGATAG  AGCACGAGAA  CGCTGCCAAA  1740
1741  GTGACGGGTA  TGCTTCTGGA  GATGGACCAG  ACAGAAGTGT  TGCATCTGAT  AGAGTCACCA  1800
1801  GAGGCTCTGA  ATGCTAAAGT  TTCAGAGGCA  CTGGATGTGT  TGAGAAACGT  GAATCAGCCA  1860
1861  ACGCAGGGGA  GTGAAGGCAA  GAGTGGAAGC  CCGAGTGGCA  TGATGGCTGC  ACTTTCTATT  1920
1921  AATGATCACT  TGTGA  1935

▼ KEYWORD

ID
Family
Complete proteome
Cytoplasm
Reference proteome
Repeat
RNA-binding

▼ GENE ONTOLOGY

ID
Classification
Description
Cellular Component
Cytoplasm
Molecular Function
RNA binding

▼ ORTHOLOGY

DrLLPS IDOrganismIdentityE-valueScore
LLPS-Brn-3411Brassica napus98.640.0 805
LLPS-Bro-0457Brassica oleracea98.640.0 805
LLPS-Art-1716Arabidopsis thaliana88.370.0 707
LLPS-Arl-1039Arabidopsis lyrata86.910.0 716
LLPS-Lep-0061Leersia perrieri82.222e-1481.3
LLPS-Sem-1366Selaginella moellendorffii81.037e-21 101
LLPS-Hea-1659Helianthus annuus79.667e-21 101
LLPS-Coc-1626Corchorus capsularis73.212e-1687.4
LLPS-Pot-2154Populus trichocarpa70.914e-1582.8
LLPS-Osl-0062Ostreococcus lucimarinus70.184e-1685.9
LLPS-Cus-0447Cucumis sativus69.892e-23 109
LLPS-Mae-1860Manihot esculenta69.092e-1584.0
LLPS-Met-0263Medicago truncatula68.692e-23 109
LLPS-Thc-1228Theobroma cacao68.460.0 563
LLPS-Glm-1402Glycine max68.070.0 573
LLPS-Gor-1859Gossypium raimondii67.990.0 558
LLPS-Sol-1541Solanum lycopersicum67.370.0 573
LLPS-Via-0049Vigna angularis66.90.0 573
LLPS-Php-0873Physcomitrella patens66.765e-176 523
LLPS-Vir-0236Vigna radiata66.670.0 573
LLPS-Nia-0029Nicotiana attenuata66.670.0 579
LLPS-Viv-1825Vitis vinifera66.675e-21 102
LLPS-Ori-1236Oryza indica66.055e-173 508
LLPS-Dac-0735Daucus carota65.730.0 557
LLPS-Prp-0523Prunus persica65.50.0 561
LLPS-Amt-0654Amborella trichopoda65.380.0 573
LLPS-Phv-1645Phaseolus vulgaris65.240.0 561
LLPS-Sot-0545Solanum tuberosum65.090.0 559
LLPS-Hov-1871Hordeum vulgare63.954e-25 114
LLPS-Orp-0276Oryza punctata63.73e-178 529
LLPS-Mua-1231Musa acuminata63.14e-23 108
LLPS-Tra-1624Triticum aestivum62.791e-24 113
LLPS-Sob-0967Sorghum bicolor62.769e-175 520
LLPS-Sei-1381Setaria italica62.538e-175 520
LLPS-Brd-1613Brachypodium distachyon61.95e-23 108
LLPS-Zem-1832Zea mays61.733e-174 519
LLPS-Orm-0242Oryza meridionalis61.633e-176 524
LLPS-Orb-0262Oryza barthii61.162e-173 517
LLPS-Orgl-1206Oryza glumaepatula61.166e-174 518
LLPS-Org-0518Oryza glaberrima61.162e-173 517
LLPS-Orni-0813Oryza nivara60.938e-174 518
LLPS-Ors-1964Oryza sativa60.938e-174 518
LLPS-Orr-0393Oryza rufipogon60.938e-174 518
LLPS-Man-3910Macaca nemestrina60.533e-0654.3
LLPS-Orbr-0897Oryza brachyantha60.283e-166 498
LLPS-Tru-0204Triticum urartu59.297e-155 468
LLPS-Scj-1152Schizosaccharomyces japonicus55.381e-1068.9
LLPS-Abg-1593Absidia glauca53.834e-130 401
LLPS-Dar-0605Danio rerio53.585e-128 399
LLPS-Mel-0295Melampsora laricipopulina53.575e-1067.0
LLPS-Icp-2412Ictalurus punctatus53.326e-126 393
LLPS-Ere-0400Erinaceus europaeus53.323e-124 389
LLPS-Gaa-0136Gasterosteus aculeatus53.327e-126 393
LLPS-Lac-0500Latimeria chalumnae53.321e-125 393
LLPS-Gaga-0977Gallus gallus53.325e-125 391
LLPS-Gog-0305Gorilla gorilla53.052e-125 393
LLPS-Caj-1974Callithrix jacchus53.055e-125 392
LLPS-Asm-2438Astyanax mexicanus53.052e-127 397
LLPS-Fud-1586Fukomys damarensis53.052e-125 392
LLPS-Chs-3703Chlorocebus sabaeus53.053e-125 392
LLPS-Ora-1046Ornithorhynchus anatinus53.051e-125 392
LLPS-Maf-0352Macaca fascicularis53.053e-125 392
LLPS-Mum-4380Mus musculus53.054e-125 392
LLPS-Leo-1629Lepisosteus oculatus53.051e-127 397
LLPS-Sus-0113Sus scrofa53.052e-125 392
LLPS-Cea-4399Cercocebus atys53.053e-125 392
LLPS-Sah-0778Sarcophilus harrisii53.052e-125 392
LLPS-Aon-1861Aotus nancymaae53.052e-125 393
LLPS-Orl-1089Oryzias latipes53.051e-125 392
LLPS-Mup-1068Mustela putorius furo53.053e-125 392
LLPS-Myl-0240Myotis lucifugus53.054e-126 393
LLPS-Ova-0412Ovis aries53.053e-125 392
LLPS-Mal-2087Mandrillus leucophaeus53.053e-125 392
LLPS-Paa-3212Papio anubis53.052e-125 392
LLPS-Xim-0027Xiphophorus maculatus53.054e-126 393
LLPS-Scf-2272Scleropages formosus53.052e-126 394
LLPS-Bot-3027Bos taurus53.052e-125 392
LLPS-Dio-0764Dipodomys ordii53.051e-125 393
LLPS-Pes-0072Pelodiscus sinensis53.051e-125 392
LLPS-Otg-1196Otolemur garnettii53.051e-125 393
LLPS-Orn-2604Oreochromis niloticus53.056e-126 393
LLPS-Rhb-2483Rhinopithecus bieti53.053e-125 392
LLPS-Fia-0491Ficedula albicollis53.052e-125 392
LLPS-Fec-4755Felis catus53.053e-125 392
LLPS-Hos-1900Homo sapiens53.052e-125 393
LLPS-Pat-0778Pan troglodytes53.052e-125 393
LLPS-Pof-3249Poecilia formosa53.053e-125 391
LLPS-Urm-0246Ursus maritimus53.052e-125 392
LLPS-Pap-2020Pan paniscus53.052e-125 393
LLPS-Loa-2227Loxodonta africana53.053e-125 392
LLPS-Cas-0281Carlito syrichta53.051e-125 393
LLPS-Tag-0673Taeniopygia guttata53.051e-124 390
LLPS-Nol-0453Nomascus leucogenys53.052e-125 392
LLPS-Ict-0153Ictidomys tridecemlineatus53.052e-125 392
LLPS-Cap-1285Cavia porcellus53.052e-125 393
LLPS-Poa-3141Pongo abelii53.052e-125 393
LLPS-Mam-2804Macaca mulatta53.053e-125 392
LLPS-Ran-1183Rattus norvegicus52.792e-125 392
LLPS-Aim-2582Ailuropoda melanoleuca52.793e-124 390
LLPS-Tar-2527Takifugu rubripes52.792e-124 390
LLPS-Orc-0006Oryctolagus cuniculus52.796e-127 396
LLPS-Scm-2077Scophthalmus maximus52.798e-125 390
LLPS-Xet-1894Xenopus tropicalis52.795e-126 394
LLPS-Caf-0758Canis familiaris52.797e-127 395
LLPS-Tut-0106Tursiops truncatus52.522e-126 394
LLPS-Ten-0131Tetraodon nigroviridis52.524e-124 389
LLPS-Asg-0826Ashbya gossypii51.184e-124 387
LLPS-Scp-0021Schizosaccharomyces pombe50.384e-125 392