• Disorder▼
  • Domain▼
  • PTM▼
  • Variation▼
  • Mutation▼
  • Interaction▼
  • Disease▼
  • Drug▼
  • Physicochemical▼
  • Function▼
  • Proteomics▼
  • Structure▼
  • Localization▼
  • Expression▼
  • Element▼
  • Methylation▼

LLPS-Brn-1017
BnaCnng26160D

Integrated Annotations

▼ OVERVIEW

Status: Unreviewed
Protein Name: Polyadenylate-binding protein
Gene Name: BnaCnng26160D, GSBRNA2T00012067001
Ensembl Gene: GSBRNA2T00012067001
Ensembl Protein: CDY54068
Organism: Brassica napus
Taxa ID: 3708
LLPS Type: LLPS regulator


▼ PROPERTY


——— Disorder propensity (calculated by IUPred2A)

▼ Classification

Condensates:
CondensateEvidenceOrthologs
P-body, Stress granulePredicted from orthologs(View)

▼ FUNCTION

Binds the poly(A) tail of mRNA.

▼ CROSS REFERENCE

DatabaseNucleotide IDProtein ID
EnsemblCDY54068CDY54068
UniProtA0A078IYF7, A0A078IYF7_BRANA
GeneBankLK033272CDY54068.1
RefSeqXM_013846518.1XP_013701972.1

▼ SEQUENCE

Protein Sequence (FASTA)
1     MAQIQNANGG  VAVSGAAAAA  VGAAQQGTTS  LYVGDLDQTV  TDSQLFEAFS  QAGQVVSVRV  60
61    CRDMTTRRSL  GYGYVNYATP  QDATRALNEL  NFMALNGRAI  RVMYSVRDPS  VRKSGLGNIF  120
121   IKNLDKSIDH  KALHETFSAF  GAILSCKVAV  DPSGQSKGYG  FVQYDTEEAA  QRAIEQLNGM  180
181   LLNDKQVYVG  PFVHKQQRDP  SGEKVKFNNV  YVKNLSESMS  DEELKKVFGE  FGVTTSCVIM  240
241   RDGEGKSKGF  GFVNFESSED  AAKAVEALNG  KTFDDKEWFV  GRAQKKSERE  NELKQKYEQS  300
301   LKEAADKSQG  SNLYVKNLDE  SVTDEKLREH  FTPFGTITSC  KVMRDPTGVS  RGSGFVAFST  360
361   PEEASRAIAE  MNGKMIVSKP  LYVALAQRKE  DRKARLQAQF  SQMRPVPAVG  PRMPMYPPGG  420
421   PPMGQQLFYG  QGPPGMIPPQ  PGYGYQQQLV  PGMRPGGAPM  PNFFMPMMQQ  GQQQQQQQRP  480
481   GGGGRRGGAL  PQPQQPSPMM  QPQQMHPRGR  MYRYPQRDVN  PMPGLTPNML  SVPYDVSGGG  540
541   AHLRDSPAAS  QPVPIGALAT  SLANAAPEHQ  RTMLGENLYP  LVEQLEPESA  AKVTGMLLEM  600
601   DQTEVLHLLE  SPDALKAKVA  EAMDVLRSVA  QQQQAGGAAD  QLASLSLGDN  IVP  653
Nucleotide CDS Sequence (FASTA)
1     ATGGCGCAGA  TTCAGAATGC  CAACGGTGGA  GTAGCGGTTT  CCGGTGCCGC  CGCGGCGGCG  60
61    GTCGGAGCGG  CGCAGCAGGG  AACGACGTCG  CTGTACGTGG  GAGATCTAGA  CCAGACGGTG  120
121   ACGGATTCGC  AGCTGTTCGA  GGCGTTTAGC  CAAGCGGGCC  AGGTGGTTTC  TGTTCGTGTC  180
181   TGTAGAGACA  TGACGACAAG  GAGATCTCTT  GGCTACGGAT  ACGTTAATTA  CGCCACTCCT  240
241   CAAGATGCTA  CGAGGGCACT  GAATGAGCTG  AACTTCATGG  CTCTCAATGG  AAGGGCTATT  300
301   AGAGTTATGT  ACTCTGTTCG  TGATCCAAGT  GTCCGTAAGA  GCGGTCTTGG  TAACATATTC  360
361   ATCAAGAATC  TTGACAAATC  AATCGATCAC  AAAGCCCTCC  ACGAGACATT  CTCCGCCTTT  420
421   GGTGCTATCC  TGTCTTGCAA  AGTGGCTGTT  GACCCCTCTG  GCCAGTCCAA  AGGCTACGGC  480
481   TTTGTGCAGT  ACGACACTGA  AGAAGCAGCT  CAGAGAGCCA  TAGAGCAGTT  GAACGGGATG  540
541   CTTCTCAACG  ACAAGCAAGT  CTACGTTGGA  CCCTTTGTTC  ACAAGCAGCA  GAGAGACCCT  600
601   TCTGGTGAGA  AGGTGAAGTT  CAACAACGTC  TATGTCAAAA  ACCTCTCGGA  GTCCATGAGT  660
661   GACGAGGAGC  TGAAGAAAGT  GTTTGGAGAG  TTTGGTGTGA  CTACTAGCTG  CGTTATCATG  720
721   AGAGACGGCG  AAGGCAAGTC  TAAAGGCTTT  GGATTTGTCA  ATTTCGAGAG  TTCGGAAGAC  780
781   GCCGCCAAAG  CTGTTGAGGC  TCTCAATGGA  AAGACCTTTG  ACGACAAGGA  GTGGTTTGTT  840
841   GGGAGAGCTC  AGAAGAAGTC  GGAGAGGGAA  AACGAACTCA  AACAAAAGTA  TGAGCAGAGT  900
901   TTGAAGGAGG  CTGCTGACAA  GTCTCAGGGG  TCCAACTTGT  ATGTTAAGAA  CTTGGATGAG  960
961   TCTGTCACAG  ACGAGAAGCT  CAGAGAACAT  TTTACTCCCT  TTGGAACTAT  TACATCCTGC  1020
1021  AAGGTGATGC  GTGACCCTAC  TGGAGTGAGT  AGAGGATCTG  GATTTGTGGC  ATTCTCAACT  1080
1081  CCTGAGGAAG  CATCTAGAGC  TATTGCTGAG  ATGAATGGTA  AAATGATTGT  CTCAAAGCCT  1140
1141  CTATATGTCG  CTCTTGCACA  GAGGAAAGAA  GACCGCAAAG  CTAGGTTACA  GGCTCAGTTT  1200
1201  TCACAGATGA  GGCCAGTACC  TGCGGTTGGT  CCAAGGATGC  CAATGTATCC  ACCCGGTGGT  1260
1261  CCACCAATGG  GTCAACAACT  CTTCTATGGC  CAAGGACCTC  CTGGCATGAT  TCCTCCTCAG  1320
1321  CCTGGATACG  GGTATCAACA  ACAGCTTGTA  CCGGGTATGA  GACCTGGTGG  GGCACCGATG  1380
1381  CCAAACTTCT  TCATGCCTAT  GATGCAACAA  GGCCAGCAAC  AACAGCAGCA  GCAACGACCT  1440
1441  GGTGGTGGTG  GTAGAAGAGG  AGGAGCTCTT  CCACAACCAC  AACAACCTTC  CCCTATGATG  1500
1501  CAGCCACAGC  AGATGCATCC  AAGGGGTAGA  ATGTATAGGT  ATCCACAGAG  AGATGTAAAC  1560
1561  CCAATGCCTG  GTCTTACTCC  AAACATGCTT  TCTGTCCCAT  ATGACGTGTC  TGGTGGTGGT  1620
1621  GCTCATCTTC  GTGATTCACC  TGCTGCTTCT  CAGCCTGTTC  CTATTGGAGC  TTTGGCTACA  1680
1681  TCACTCGCTA  ACGCAGCTCC  AGAGCATCAG  AGAACGATGC  TTGGTGAGAA  TCTGTACCCA  1740
1741  CTAGTGGAGC  AGCTTGAGCC  AGAATCGGCA  GCTAAAGTCA  CGGGAATGCT  TCTTGAAATG  1800
1801  GACCAAACCG  AAGTACTTCA  CTTGCTGGAA  TCTCCTGATG  CACTTAAAGC  TAAAGTTGCA  1860
1861  GAGGCAATGG  ATGTTCTGAG  GAGTGTAGCT  CAGCAGCAGC  AAGCTGGTGG  TGCAGCTGAT  1920
1921  CAGTTAGCTT  CTCTGTCTCT  TGGAGACAAC  ATCGTACCTT  GA  1962

▼ KEYWORD

ID
Family
Coiled coil
Complete proteome
Cytoplasm
Reference proteome
Repeat
RNA-binding

▼ GENE ONTOLOGY

ID
Classification
Description
Cellular Component
Cytoplasm
Molecular Function
RNA binding

▼ KEGG


▼ ORTHOLOGY

DrLLPS IDOrganismIdentityE-valueScore
LLPS-Bro-2304Brassica oleracea100.00.01024
LLPS-Brr-0456Brassica rapa96.810.01001
LLPS-Arl-1536Arabidopsis lyrata93.260.0 751
LLPS-Art-1123Arabidopsis thaliana92.330.0 741
LLPS-Met-0263Medicago truncatula79.30.0 646
LLPS-Pot-1263Populus trichocarpa78.60.0 646
LLPS-Prp-0551Prunus persica78.370.0 644
LLPS-Vir-0236Vigna radiata78.140.0 645
LLPS-Via-0049Vigna angularis77.910.0 644
LLPS-Glm-1402Glycine max77.670.0 643
LLPS-Cus-0370Cucumis sativus77.310.0 623
LLPS-Coc-0719Corchorus capsularis77.210.0 634
LLPS-Thc-2057Theobroma cacao76.740.0 627
LLPS-Mae-0747Manihot esculenta76.740.0 635
LLPS-Hov-0231Hordeum vulgare76.544e-28 124
LLPS-Sol-0565Solanum lycopersicum76.520.0 619
LLPS-Hea-1659Helianthus annuus76.460.0 622
LLPS-Gor-0295Gossypium raimondii76.190.0 621
LLPS-Sot-0545Solanum tuberosum75.990.0 615
LLPS-Viv-1699Vitis vinifera75.350.0 602
LLPS-Nia-1755Nicotiana attenuata75.350.0 618
LLPS-Amt-0654Amborella trichopoda75.350.0 615
LLPS-Phv-1645Phaseolus vulgaris75.350.0 611
LLPS-Dac-0735Daucus carota75.120.0 608
LLPS-Ori-0250Oryza indica72.370.0 584
LLPS-Orb-0999Oryza barthii72.370.0 584
LLPS-Orni-0095Oryza nivara72.370.0 584
LLPS-Orgl-1229Oryza glumaepatula72.370.0 584
LLPS-Ors-1151Oryza sativa72.370.0 584
LLPS-Orp-0810Oryza punctata72.370.0 585
LLPS-Orm-2005Oryza meridionalis72.370.0 583
LLPS-Orr-1966Oryza rufipogon72.370.0 584
LLPS-Org-0183Oryza glaberrima72.370.0 584
LLPS-Tra-1166Triticum aestivum72.30.0 580
LLPS-Tru-0204Triticum urartu72.171e-178 529
LLPS-Php-2380Physcomitrella patens72.060.0 580
LLPS-Brd-0047Brachypodium distachyon71.770.0 577
LLPS-Lep-2277Leersia perrieri71.278e-158 473
LLPS-Mua-1231Musa acuminata70.980.0 576
LLPS-Zem-0296Zea mays70.831e-39 158
LLPS-Sei-1381Setaria italica70.560.0 566
LLPS-Orbr-0897Oryza brachyantha70.050.0 548
LLPS-Sob-0967Sorghum bicolor69.860.0 563
LLPS-Sem-1366Selaginella moellendorffii65.461e-178 530
LLPS-Osl-0062Ostreococcus lucimarinus65.343e-176 521
LLPS-Chs-3703Chlorocebus sabaeus60.262e-155 471
LLPS-Maf-0352Macaca fascicularis60.262e-155 471
LLPS-Cea-4399Cercocebus atys60.262e-155 471
LLPS-Aon-1861Aotus nancymaae60.263e-155 470
LLPS-Gog-0305Gorilla gorilla60.263e-155 470
LLPS-Caj-1974Callithrix jacchus60.268e-155 469
LLPS-Fud-1586Fukomys damarensis60.262e-155 471
LLPS-Ere-0400Erinaceus europaeus60.267e-154 466
LLPS-Myl-0240Myotis lucifugus60.264e-156 471
LLPS-Mal-2087Mandrillus leucophaeus60.262e-155 471
LLPS-Pat-0778Pan troglodytes60.263e-155 470
LLPS-Pap-2020Pan paniscus60.263e-155 470
LLPS-Hos-1900Homo sapiens60.263e-155 470
LLPS-Man-3264Macaca nemestrina60.262e-155 471
LLPS-Rhb-2483Rhinopithecus bieti60.262e-155 471
LLPS-Orc-2217Oryctolagus cuniculus60.268e-154 468
LLPS-Cap-1285Cavia porcellus60.261e-155 471
LLPS-Poa-3141Pongo abelii60.263e-155 470
LLPS-Mam-2804Macaca mulatta60.262e-155 471
LLPS-Cas-0281Carlito syrichta60.262e-155 471
LLPS-Sus-0113Sus scrofa60.12e-155 470
LLPS-Bot-3027Bos taurus60.12e-155 470
LLPS-Dio-0764Dipodomys ordii60.19e-156 471
LLPS-Mup-1068Mustela putorius furo60.12e-155 471
LLPS-Ova-0412Ovis aries60.12e-155 470
LLPS-Paa-3212Papio anubis60.12e-155 471
LLPS-Fec-4755Felis catus60.12e-155 471
LLPS-Urm-0246Ursus maritimus60.12e-155 471
LLPS-Loa-2227Loxodonta africana60.12e-155 471
LLPS-Otg-1196Otolemur garnettii60.12e-155 470
LLPS-Ict-0153Ictidomys tridecemlineatus60.11e-155 471
LLPS-Nol-0453Nomascus leucogenys60.12e-155 470
LLPS-Lac-0500Latimeria chalumnae60.09e-155 468
LLPS-Scf-1757Scleropages formosus59.93e-158 477
LLPS-Gaa-0760Gasterosteus aculeatus59.91e-155 470
LLPS-Mum-4380Mus musculus59.849e-155 469
LLPS-Ran-1183Rattus norvegicus59.842e-155 470
LLPS-Aim-2582Ailuropoda melanoleuca59.842e-154 468
LLPS-Pes-0072Pelodiscus sinensis59.843e-155 469
LLPS-Sah-0778Sarcophilus harrisii59.745e-155 469
LLPS-Gaga-0977Gallus gallus59.741e-154 468
LLPS-Abg-0396Absidia glauca59.682e-1480.9
LLPS-Asm-0750Astyanax mexicanus59.641e-156 473
LLPS-Ora-1046Ornithorhynchus anatinus59.599e-155 468
LLPS-Leo-0829Lepisosteus oculatus59.485e-154 466
LLPS-Tag-0673Taeniopygia guttata59.481e-154 469
LLPS-Dar-0071Danio rerio59.479e-155 468
LLPS-Xet-1894Xenopus tropicalis59.476e-154 467
LLPS-Icp-1353Ictalurus punctatus59.382e-155 469
LLPS-Caf-0758Canis familiaris59.388e-156 471
LLPS-Fia-0491Ficedula albicollis59.331e-155 470
LLPS-Mod-0515Monodelphis domestica59.225e-153 464
LLPS-Orl-1335Oryzias latipes59.112e-155 470
LLPS-Tut-0106Tursiops truncatus59.113e-155 469
LLPS-Scm-0124Scophthalmus maximus59.111e-155 470
LLPS-Xim-0027Xiphophorus maculatus58.965e-154 466
LLPS-Pof-3249Poecilia formosa58.961e-153 465
LLPS-Orn-2604Oreochromis niloticus58.966e-154 466
LLPS-Tar-1585Takifugu rubripes58.852e-154 467
LLPS-Ten-0131Tetraodon nigroviridis58.445e-152 461
LLPS-Anc-0689Anolis carolinensis57.873e-150 456
LLPS-Eqc-0520Equus caballus55.754e-150 457