※ Scaffold introduction

    Scaffolds were defined as the drivers of LLPS essential for the structural integrity of MLOs, and the major components which, alone or with co-scaffolds, undergo LLPS (1-4). A minimum set of six experimental tests, including the assembly of spherical droplets, the observation of fusion events, and the identification of mutations that abolish or inhibit LLPS in vitro and in cells have been proposed for rigorous analysis of LLPS processes (1). For each known scaffold protein, descriptions on performed assays of the minimum set of experiments were presented on its gene page. For example, the human fused in sarcoma (FUS), a well-characterized RNA-binding protein undergoing LLPS involved in formation of multiple biomolecular condensates (5,6-8), forms liquid-like droplets both in cells and at near physiological conditions in vitro. All the six experimental tests were performed to analyze the LLPS properties of FUS (9).

References
1. Alberti, S., Gladfelter, A. and Mittag, T. (2019) Considerations and challenges in studying liquid-liquid phase separation and biomolecular condensates. Cell, 176, 419-434. PMID: 30682370
2. Banani, S.F., Lee, H.O., Hyman, A.A. and Rosen, M.K. (2017) Biomolecular condensates: organizers of cellular biochemistry. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 18, 285-298. PMID: 28225081
3. Banani, S.F., Rice, A.M., Peeples, W.B., Lin, Y., Jain, S., Parker, R. and Rosen, M.K. (2016) Compositional control of phase-separated cellular bodies. Cell, 166, 651-663. PMID: 27374333
4. Hyman, A.A. and Simons, K. (2012) Cell biology. Beyond oil and water--phase transitions in cells. Science, 337, 1047-1049. PMID: 22936764
5. Hofweber, M., Hutten, S., Bourgeois, B., Spreitzer, E., Niedner-Boblenz, A., Schifferer, M., Ruepp, M.D., Simons, M., Niessing, D., Madl, T. et al. (2018) Phase Separation of FUS Is Suppressed by Its Nuclear Import Receptor and Arginine Methylation. Cell, 173, 706-719 e713. PMID: 29677514
6. Murray, D.T., Kato, M., Lin, Y., Thurber, K.R., Hung, I., McKnight, S.L. and Tycko, R. (2017) Structure of FUS Protein Fibrils and Its Relevance to Self-Assembly and Phase Separation of Low-Complexity Domains. Cell, 171, 615-627 e61. PMID: 28942918
7. Guo, L., Kim, H.J., Wang, H., Monaghan, J., Freyermuth, F., Sung, J.C., O'Donovan, K., Fare, C.M., Diaz, Z., Singh, N. et al. (2018) Nuclear-Import Receptors Reverse Aberrant Phase Transitions of RNA-Binding Proteins with Prion-like Domains. Cell, 173, 677-692 e20. PMID: 29677512
8. Yoshizawa, T., Ali, R., Jiou, J., Fung, H.Y.J., Burke, K.A., Kim, S.J., Lin, Y., Peeples, W.B., Saltzberg, D., Soniat, M. et al. (2018) Nuclear Import Receptor Inhibits Phase Separation of FUS through Binding to Multiple Sites. Cell, 173, 693-705 e22. PMID: 29677513
9. Patel, A., Lee, H.O., Jawerth, L., Maharana, S., Jahnel, M., Hein, M.Y., Stoynov, S., Mahamid, J., Saha, S., Franzmann, T.M. et al. (2015) A Liquid-to-Solid Phase Transition of the ALS Protein FUS Accelerated by Disease Mutation. Cell, 57, 162, 1066-1077. PMID: 26317470


Scaffolds  in eukaryotes (Total number, Predicted number):

  Absidia glauca (32, 32)  Ailuropoda melanoleuca (85, 85)  Amborella trichopoda (31, 31)
  Anas platyrhynchos (60, 60)  Anolis carolinensis (67, 67)  Aotus nancymaae (92, 92)
  Arabidopsis lyrata (32, 32)  Arabidopsis thaliana (33, 31)  Ashbya gossypii (23, 23)
  Aspergillus clavatus (25, 25)  Aspergillus flavus (27, 27)  Aspergillus fumigatus (26, 26)
  Aspergillus nidulans (27, 27)  Aspergillus niger (27, 27)  Aspergillus oryzae (25, 25)
  Aspergillus terreus (24, 24)  Astyanax mexicanus (73, 73)  Beauveria bassiana (26, 26)
  Blumeria graminis (25, 25)  Bos taurus (94, 94)  Brachypodium distachyon (31, 31)
  Brassica napus (34, 34)  Brassica oleracea (33, 33)  Brassica rapa (36, 36)
  Caenorhabditis elegans (46, 32)  Callithrix jacchus (95, 95)  Canis familiaris (91, 91)
  Carlito syrichta (76, 76)  Cavia porcellus (94, 94)  Cercocebus atys (93, 93)
  Chlamydomonas reinhardtii (22, 21)  Chlorocebus sabaeus (95, 95)  Chondrus crispus (17, 17)
  Ciona intestinalis (45, 45)  Ciona savignyi (35, 35)  Colletotrichum gloeosporioides (23, 23)
  Colletotrichum graminicola (25, 25)  Colletotrichum orbiculare (25, 25)  Corchorus capsularis (30, 30)
  Cryptococcus neoformans (23, 23)  Cucumis sativus (32, 32)  Cyanidioschyzon merolae (19, 19)
  Danio rerio (80, 80)  Daucus carota (26, 26)  Dipodomys ordii (86, 86)
  Dothistroma septosporum (24, 24)  Drosophila melanogaster (45, 38)  Equus caballus (92, 92)
  Erinaceus europaeus (18, 18)  Felis catus (93, 93)  Ficedula albicollis (71, 71)
  Fukomys damarensis (83, 83)  Fusarium oxysporum (24, 24)  Fusarium solani (26, 26)
  Fusarium verticillioides (27, 27)  Gaeumannomyces graminis (22, 22)  Galdieria sulphuraria (20, 20)
  Gallus gallus (75, 73)  Gasterosteus aculeatus (67, 67)  Glycine max (33, 33)
  Gorilla gorilla (91, 91)  Gossypium raimondii (37, 37)  Helianthus annuus (29, 29)
  Homo sapiens (107, 21)  Hordeum vulgare (26, 26)  Ictalurus punctatus (79, 79)
  Ictidomys tridecemlineatus (92, 92)  Komagataella pastoris (21, 21)  Latimeria chalumnae (77, 77)
  Leersia perrieri (34, 34)  Lepisosteus oculatus (72, 72)  Leptosphaeria maculans (27, 27)
  Loxodonta africana (87, 87)  Macaca fascicularis (90, 90)  Macaca mulatta (92, 92)
  Macaca nemestrina (95, 95)  Magnaporthe oryzae (24, 24)  Magnaporthe poae (24, 24)
  Mandrillus leucophaeus (91, 91)  Manihot esculenta (30, 30)  Medicago truncatula (32, 32)
  Melampsora laricipopulina (25, 25)  Meleagris gallopavo (62, 62)  Mesocricetus auratus (85, 85)
  Microbotryum violaceum (19, 19)  Monodelphis domestica (88, 88)  Musa acuminata (35, 35)
  Mustela putorius furo (89, 89)  Mus musculus (97, 85)  Myotis lucifugus (89, 89)
  Neosartorya fischeri (26, 26)  Neurospora crassa (23, 23)  Nicotiana attenuata (29, 29)
  Nomascus leucogenys (87, 87)  Oreochromis niloticus (72, 72)  Ornithorhynchus anatinus (69, 69)
  Oryctolagus cuniculus (80, 80)  Oryza barthii (30, 30)  Oryza brachyantha (29, 29)
  Oryza glaberrima (26, 26)  Oryza glumaepatula (30, 30)  Oryza indica (31, 31)
  Oryza meridionalis (27, 27)  Oryza nivara (28, 28)  Oryza punctata (30, 30)
  Oryza rufipogon (30, 30)  Oryza sativa (28, 28)  Oryzias latipes (70, 70)
  Ostreococcus lucimarinus (21, 21)  Otolemur garnettii (89, 89)  Ovis aries (88, 88)
  Pan paniscus (92, 92)  Pan troglodytes (94, 94)  Papio anubis (90, 90)
  Pelodiscus sinensis (70, 70)  Phaeosphaeria nodorum (26, 26)  Phaseolus vulgaris (31, 31)
  Physcomitrella patens (35, 35)  Poecilia formosa (78, 78)  Pongo abelii (86, 86)
  Populus trichocarpa (33, 33)  Prunus persica (31, 31)  Puccinia graminis (25, 25)
  Puccinia triticina (19, 19)  Pyrenophora teres (25, 25)  Pyrenophora triticirepentis (27, 27)
  Rattus norvegicus (96, 93)  Rhinopithecus bieti (94, 94)  Saccharomyces cerevisiae (27, 12)
  Sarcophilus harrisii (80, 80)  Schizosaccharomyces cryophilus (24, 24)  Schizosaccharomyces japonicus (23, 23)
  Schizosaccharomyces pombe (23, 17)  Scleropages formosus (75, 75)  Sclerotinia sclerotiorum (21, 21)
  Scophthalmus maximus (70, 70)  Selaginella moellendorffii (29, 29)  Setaria italica (32, 32)
  Solanum lycopersicum (28, 28)  Solanum tuberosum (26, 26)  Sorghum bicolor (31, 31)
  Sporisorium reilianum (23, 23)  Sus scrofa (95, 95)  Taeniopygia guttata (66, 66)
  Takifugu rubripes (70, 70)  Tetraodon nigroviridis (71, 71)  Theobroma cacao (34, 34)
  Trichoderma reesei (26, 26)  Trichoderma virens (27, 27)  Triticum aestivum (34, 34)
  Triticum urartu (25, 25)  Tuber melanosporum (25, 25)  Tursiops truncatus (40, 40)
  Ursus maritimus (72, 72)  Ustilago maydis (23, 23)  Verticillium dahliae (28, 28)
  Vigna angularis (34, 34)  Vigna radiata (25, 25)  Vitis vinifera (36, 36)
  Xenopus tropicalis (81, 79)  Xiphophorus maculatus (72, 72)  Yarrowia lipolytica (22, 22)
  Zea mays (30, 30)  Zymoseptoria tritici (23, 23)