• Disorder▼
  • Domain▼
  • PTM▼
  • Variation▼
  • Mutation▼
  • Interaction▼
  • Disease▼
  • Drug▼
  • Physicochemical▼
  • Function▼
  • Proteomics▼
  • Structure▼
  • Localization▼
  • Expression▼
  • Element▼
  • Methylation▼

LLPS-Arl-2426
ARALYDRAFT_339396

Integrated Annotations

▼ OVERVIEW

Status: Unreviewed
Protein Name: Polyadenylate-binding protein
Gene Name: ARALYDRAFT_339396
Ensembl Gene: fgenesh1_pg.C_scaffold_2001495
Ensembl Protein: fgenesh1_pg.C_scaffold_2001495
Organism: Arabidopsis lyrata
Taxa ID: 81972
LLPS Type: LLPS regulator


▼ PROPERTY


——— Disorder propensity (calculated by IUPred2A)

▼ Classification

Condensates:
CondensateEvidenceOrthologs
Stress granulePredicted from orthologs(View)

▼ FUNCTION

Binds the poly(A) tail of mRNA.

▼ CROSS REFERENCE

▼ SEQUENCE

Protein Sequence (FASTA)
1     MAAAVASGIA  PTTAMVDQVP  NQPTVAAAPP  PPFPAVSQIA  AVAAAAAAAE  ALQTHPNSSL  60
61    YVGDLDPSVD  EPQLLDLFNQ  VAPVQTVRVC  RDLTRRSLGY  AYVNFANPED  ASRAMDSLNY  120
121   APIRDRPIRI  MLSNRDPSTR  LSGKGNVFIK  NLDPSIDNKA  LYETFSAFGT  ILSCKVAMDA  180
181   VGRSKGYGFV  QFEKEETAQA  AIDKLNGMLL  NDKQVFVGHF  VRRQDRSRSE  SGAVPRFTNV  240
241   YVKNLPKEIT  DDELKKTFGK  YGDISSAVVM  KDQSGNSRSF  GFVNFESPEA  AAVAVEKMNG  300
301   ISLGEDVLYV  GRAQKKSERE  EELRRKFEQE  RISRFEKLQG  SNLYLKNLDD  SVNDEKLKEM  360
361   FSEYGNVTSC  KVMMNSQGLS  RGFGFVAYSS  PEEASRALSE  MNGKMIGRKP  LYVAFAQRKE  420
421   ERRAHLQTLF  THIRSPGTMS  PIPSPMPGFH  HHPPGGPMSG  PHHPTMYIGQ  NGQGLVPPQP  480
481   MGYGYQVQFM  PGVRPGAGPA  NYMMPFPLQR  QTQPGPRVGF  RRGANNMQQH  FQQQQILQQN  540
541   ASPGMRYMGG  AGNRRNGMEA  SAPQGIIPLP  LNASAISHNA  PQHPHKPPLL  TISKLASDLA  600
601   LAPPEKHPQM  LGENLYPLVA  QQEPEYAAKV  TGMLLEMDQA  EILHLLESPE  ALKAKVSEAL  660
661   DVLRLSANAP  AVSSVDDQFA  LSSTE  685
Nucleotide CDS Sequence (FASTA)
1     ATGGCTGCGG  CGGTTGCATC  TGGAATTGCC  CCGACGACGG  CCATGGTTGA  TCAAGTTCCC  60
61    AATCAACCGA  CGGTTGCTGC  TGCTCCTCCT  CCTCCTTTCC  CTGCCGTGAG  TCAGATTGCG  120
121   GCGGTTGCGG  CTGCTGCTGC  TGCCGCGGAG  GCTTTGCAAA  CGCATCCAAA  CTCGTCTCTC  180
181   TATGTCGGAG  ATTTAGATCC  GAGTGTCGAT  GAGCCACAAC  TGTTGGATCT  CTTTAATCAA  240
241   GTTGCTCCAG  TTCAGACTGT  TAGGGTTTGT  CGTGATTTGA  CTCGTCGTTC  TCTTGGTTAC  300
301   GCTTACGTCA  ATTTCGCTAA  CCCTGAAGAT  GCGAGTCGTG  CGATGGATAG  TCTCAACTAT  360
361   GCTCCGATCA  GGGACAGGCC  TATAAGGATC  ATGCTCTCGA  ATCGTGATCC  GAGCACTCGA  420
421   TTGAGTGGAA  AAGGCAATGT  TTTCATCAAA  AACCTCGATC  CATCGATCGA  TAACAAAGCT  480
481   TTGTATGAAA  CATTCTCGGC  TTTCGGGACT  ATCCTCTCTT  GCAAGGTTGC  AATGGATGCG  540
541   GTGGGACGTT  CGAAAGGATA  TGGCTTTGTC  CAGTTTGAGA  AAGAGGAAAC  CGCTCAGGCT  600
601   GCTATTGACA  AGCTTAATGG  CATGTTGCTT  AATGATAAGC  AAGTCTTTGT  TGGCCATTTT  660
661   GTTCGACGTC  AGGACAGGTC  TCGTAGTGAG  AGTGGTGCGG  TGCCGCGTTT  CACTAATGTT  720
721   TATGTTAAGA  ATCTTCCTAA  GGAGATTACT  GATGATGAGC  TTAAGAAGAC  TTTTGGGAAA  780
781   TATGGAGATA  TCTCTAGTGC  GGTTGTGATG  AAAGATCAGA  GTGGGAACTC  GAGGTCTTTC  840
841   GGGTTTGTGA  ACTTTGAGAG  CCCTGAAGCT  GCTGCCGTTG  CGGTTGAAAA  GATGAACGGT  900
901   ATCAGCCTTG  GGGAGGATGT  GTTGTATGTT  GGGAGGGCAC  AGAAGAAGTC  TGAGAGGGAA  960
961   GAGGAATTGA  GGAGAAAGTT  TGAGCAAGAG  AGGATAAGCA  GGTTTGAGAA  ATTACAAGGA  1020
1021  TCAAATCTGT  ATTTGAAGAA  CCTTGATGAT  AGCGTGAATG  ATGAGAAGCT  CAAGGAGATG  1080
1081  TTCTCTGAGT  ATGGGAACGT  GACCTCCTGC  AAGGTTATGA  TGAATTCACA  AGGTTTGAGC  1140
1141  AGAGGCTTTG  GTTTTGTTGC  TTACTCCAGT  CCTGAAGAAG  CTTCGAGAGC  TTTGAGTGAA  1200
1201  ATGAATGGGA  AGATGATAGG  AAGGAAACCT  CTTTACGTTG  CTTTTGCTCA  ACGCAAAGAA  1260
1261  GAAAGACGGG  CTCACCTTCA  GACTCTATTT  ACTCATATCA  GATCACCTGG  GACAATGTCG  1320
1321  CCAATTCCAT  CACCAATGCC  TGGGTTCCAT  CATCACCCAC  CAGGAGGGCC  AATGTCAGGA  1380
1381  CCACACCACC  CAACAATGTA  CATAGGTCAG  AATGGTCAAG  GTCTGGTACC  CCCACAACCT  1440
1441  ATGGGGTATG  GGTACCAAGT  TCAGTTCATG  CCCGGGGTGC  GTCCAGGTGC  AGGCCCGGCT  1500
1501  AACTACATGA  TGCCTTTCCC  TCTTCAAAGG  CAAACTCAGC  CTGGTCCTCG  TGTTGGGTTC  1560
1561  AGGCGTGGTG  CTAATAACAT  GCAGCAGCAC  TTCCAACAAC  AACAAATTCT  GCAGCAAAAT  1620
1621  GCAAGCCCGG  GAATGCGATA  CATGGGAGGC  GCAGGCAACA  GGAGGAATGG  AATGGAAGCA  1680
1681  TCTGCTCCAC  AAGGCATCAT  CCCTTTGCCA  TTGAATGCAT  CTGCAATCTC  TCACAATGCT  1740
1741  CCTCAACACC  CGCATAAGCC  ACCTCTCCTC  ACCATTTCCA  AGCTTGCATC  TGATTTGGCT  1800
1801  TTGGCTCCCC  CGGAGAAACA  CCCACAGATG  CTTGGGGAGA  ACCTTTACCC  ACTTGTGGCG  1860
1861  CAGCAGGAGC  CAGAATATGC  GGCCAAAGTT  ACTGGGATGT  TGCTGGAGAT  GGATCAAGCT  1920
1921  GAGATTTTGC  ACCTTCTTGA  GTCACCTGAA  GCTCTTAAGG  CTAAAGTTTC  CGAGGCTCTG  1980
1981  GATGTTCTCA  GACTCTCTGC  TAATGCACCA  GCTGTGTCAT  CTGTTGATGA  CCAGTTTGCT  2040
2041  CTATCCTCAA  CCGAGTGA  2058

▼ KEYWORD

ID
Family
Coiled coil
Complete proteome
Cytoplasm
Reference proteome
Repeat
RNA-binding

▼ GENE ONTOLOGY

ID
Classification
Description
Cellular Component
Cytoplasm
Molecular Function
RNA binding

▼ ORTHOLOGY

DrLLPS IDOrganismIdentityE-valueScore
LLPS-Art-2631Arabidopsis thaliana88.780.01073
LLPS-Brr-0967Brassica rapa85.40.01064
LLPS-Brn-1199Brassica napus76.380.0 956
LLPS-Bro-2641Brassica oleracea75.950.0 950
LLPS-Ori-1236Oryza indica63.082e-156 467
LLPS-Scj-1152Schizosaccharomyces japonicus60.662e-1377.8
LLPS-Prp-0214Prunus persica60.160.0 688
LLPS-Phv-1645Phaseolus vulgaris59.824e-169 507
LLPS-Pot-2720Populus trichocarpa59.750.0 666
LLPS-Scc-0164Schizosaccharomyces cryophilus59.311e-140 433
LLPS-Osl-0062Ostreococcus lucimarinus58.965e-149 452
LLPS-Orn-1234Oreochromis niloticus58.844e-139 429
LLPS-Glm-2069Glycine max58.710.0 677
LLPS-Scm-0124Scophthalmus maximus58.587e-139 428
LLPS-Orc-2217Oryctolagus cuniculus58.561e-138 430
LLPS-Mae-1860Manihot esculenta58.560.0 682
LLPS-Abg-1593Absidia glauca58.541e-141 432
LLPS-Ict-0733Ictidomys tridecemlineatus58.294e-139 428
LLPS-Scf-2272Scleropages formosus58.297e-139 428
LLPS-Pof-3249Poecilia formosa58.22e-141 434
LLPS-Ere-0400Erinaceus europaeus58.21e-138 428
LLPS-Dar-0605Danio rerio58.026e-139 428
LLPS-Amt-0481Amborella trichopoda58.010.0 667
LLPS-Scp-0021Schizosaccharomyces pombe57.984e-140 432
LLPS-Pat-0096Pan troglodytes57.974e-1686.3
LLPS-Hos-0089Homo sapiens57.974e-1686.3
LLPS-Lac-0490Latimeria chalumnae57.973e-1686.7
LLPS-Fec-1517Felis catus57.974e-1686.3
LLPS-Pes-0507Pelodiscus sinensis57.974e-1686.3
LLPS-Fia-0491Ficedula albicollis57.972e-1687.0
LLPS-Poa-0944Pongo abelii57.974e-1686.3
LLPS-Caf-0758Canis familiaris57.974e-1686.3
LLPS-Mam-1121Macaca mulatta57.974e-1686.3
LLPS-Xet-1894Xenopus tropicalis57.973e-1687.0
LLPS-Gaga-1755Gallus gallus57.973e-1686.7
LLPS-Cas-1467Carlito syrichta57.974e-1686.3
LLPS-Tag-0673Taeniopygia guttata57.972e-1687.0
LLPS-Maf-2154Macaca fascicularis57.974e-1686.3
LLPS-Mum-2049Mus musculus57.974e-1686.7
LLPS-Chs-0101Chlorocebus sabaeus57.974e-1686.3
LLPS-Ora-0485Ornithorhynchus anatinus57.974e-1686.3
LLPS-Aon-0587Aotus nancymaae57.973e-1686.7
LLPS-Cea-2929Cercocebus atys57.974e-1686.3
LLPS-Sus-1508Sus scrofa57.974e-1686.3
LLPS-Asm-0750Astyanax mexicanus57.972e-1687.0
LLPS-Caj-1510Callithrix jacchus57.973e-1686.7
LLPS-Xim-0002Xiphophorus maculatus57.971e-1687.8
LLPS-Tut-0106Tursiops truncatus57.974e-1686.3
LLPS-Dio-2109Dipodomys ordii57.974e-1686.3
LLPS-Bot-0676Bos taurus57.974e-1686.3
LLPS-Ran-0034Rattus norvegicus57.973e-1686.7
LLPS-Paa-0853Papio anubis57.974e-1686.3
LLPS-Met-2644Medicago truncatula57.750.0 662
LLPS-Urm-0246Ursus maritimus57.676e-139 429
LLPS-Man-3910Macaca nemestrina57.673e-139 427
LLPS-Sah-0552Sarcophilus harrisii57.671e-139 430
LLPS-Leo-1629Lepisosteus oculatus57.674e-139 429
LLPS-Fud-1586Fukomys damarensis57.676e-139 429
LLPS-Icp-2412Ictalurus punctatus57.675e-139 429
LLPS-Rhb-2483Rhinopithecus bieti57.411e-138 429
LLPS-Mal-2087Mandrillus leucophaeus57.411e-138 429
LLPS-Tar-2527Takifugu rubripes57.291e-138 428
LLPS-Php-0547Physcomitrella patens57.120.0 591
LLPS-Hea-1659Helianthus annuus57.113e-161 486
LLPS-Coc-1626Corchorus capsularis57.070.0 644
LLPS-Nia-0029Nicotiana attenuata55.380.0 604
LLPS-Sob-0152Sorghum bicolor55.250.0 601
LLPS-Zem-0296Zea mays55.080.0 603
LLPS-Sol-1541Solanum lycopersicum54.860.0 597
LLPS-Vir-1777Vigna radiata54.830.0 564
LLPS-Sei-0885Setaria italica54.80.0 600
LLPS-Gor-0295Gossypium raimondii54.750.0 573
LLPS-Hov-0058Hordeum vulgare54.520.0 580
LLPS-Tra-1166Triticum aestivum54.520.0 585
LLPS-Orp-0810Oryza punctata54.330.0 589
LLPS-Orm-2005Oryza meridionalis54.330.0 588
LLPS-Org-0183Oryza glaberrima54.330.0 589
LLPS-Orb-0999Oryza barthii54.330.0 589
LLPS-Orgl-1229Oryza glumaepatula54.330.0 589
LLPS-Ors-1151Oryza sativa54.170.0 585
LLPS-Orr-1966Oryza rufipogon54.170.0 585
LLPS-Orni-0095Oryza nivara54.170.0 585
LLPS-Thc-1228Theobroma cacao54.020.0 577
LLPS-Via-0404Vigna angularis53.90.0 576
LLPS-Orbr-0897Oryza brachyantha53.750.0 569
LLPS-Brd-0047Brachypodium distachyon53.730.0 587
LLPS-Cus-0447Cucumis sativus53.410.0 567
LLPS-Viv-1825Vitis vinifera53.390.0 551
LLPS-Dac-0276Daucus carota53.330.0 586
LLPS-Mua-1450Musa acuminata53.30.0 577
LLPS-Lep-0061Leersia perrieri52.822e-175 534
LLPS-Tru-0204Triticum urartu52.540.0 538
LLPS-Sem-1366Selaginella moellendorffii52.070.0 548
LLPS-Sot-0545Solanum tuberosum51.830.0 586
LLPS-Mod-1104Monodelphis domestica46.423e-158 478
LLPS-Gaa-0136Gasterosteus aculeatus45.953e-161 486
LLPS-Orl-1089Oryzias latipes45.913e-160 483
LLPS-Crn-0202Cryptococcus neoformans45.761e-150 460
LLPS-Loa-0207Loxodonta africana45.611e-157 477
LLPS-Myl-0240Myotis lucifugus45.62e-160 483
LLPS-Nol-0453Nomascus leucogenys44.732e-161 486
LLPS-Ova-0412Ovis aries44.568e-159 481
LLPS-Otg-1196Otolemur garnettii44.494e-159 481
LLPS-Anc-0689Anolis carolinensis44.466e-152 462
LLPS-Mup-1068Mustela putorius furo43.644e-159 481
LLPS-Chc-0157Chondrus crispus43.343e-144 443