※ Paraspeckle introduction

    Paraspeckles are mammalian-specific nuclear bodies that often lie adjacent to splicing speckles, containing several multifunctional proteins, including PSF (PTB-associated splicing factor), p54nrb, PSP1andRBM14/CoAA/PSP2 (here- after referred to CoAA) (1), the long noncoding RNA NEAT1 assembles these protein components and is critical for paraspeckle formation. DIS3 was proved to be involved in controlling the formation of paraspeckles, nuclear bodies that are organized around NEAT1 lncRNA, whose short form was overexpressed in cells with mutated DIS3 (2). Paraspeckles regulate gene expression through a number of mechanisms, including sequestration of specific transcription factors and/or hyperedited mRNAs (3). Besides, RNA editing by the enzyme ADAR (Adenosine deaminase acting on RNA) was proved to occur in paraspeckles (4).

Reference
1. Chang, S. H., Chang, W. L., Lu, C. C., & Tarn, W. Y. (2014) Alanine repeats influence protein localization in splicing speckles and paraspeckles. Nucleic Acids Res, 42(22), 13788-13798. PMID: 25414336
2. Szczepinska, T., Kalisiak, K., Tomecki, R., Labno, A., Borowski, L. S., Kulinski, T. M., et al. (2015) DIS3 shapes the RNA polymerase II transcriptome in humans by degrading a variety of unwanted transcripts. Genome Res, 25(11), 1622-1633. PMID: 26294688
3. Adriaens, C., Standaert, L., Barra, J., Latil, M., Verfaillie, A., Kalev, P., et al. (2016) p53 induces formation of NEAT1 lncRNA-containing paraspeckles that modulate replication stress response and chemosensitivity. Nat Med, 22(8), 861-868. PMID: 27376578
4. Banerjee, A., Vest, K. E., Pavlath, G. K., & Corbett, A. H. (2017) Nuclear poly(A) binding protein 1 (PABPN1) and Matrin3 interact in muscle cells and regulate RNA processing. Nucleic Acids Res, 45(18), 10706-10725. PMID: 28977530


Paraspeckle  in eukaryotes (Total number, Predicted number):

  Absidia glauca (5, 5)   Ailuropoda melanoleuca (26, 26)   Amborella trichopoda (6, 6)
  Anas platyrhynchos (15, 15)   Anolis carolinensis (22, 22)   Aotus nancymaae (34, 34)
  Arabidopsis lyrata (7, 7)   Arabidopsis thaliana (6, 6)   Ashbya gossypii (3, 3)
  Aspergillus clavatus (4, 4)   Aspergillus flavus (3, 3)   Aspergillus fumigatus (4, 4)
  Aspergillus nidulans (4, 4)   Aspergillus niger (4, 4)   Aspergillus oryzae (4, 4)
  Aspergillus terreus (4, 4)   Astyanax mexicanus (22, 22)   Beauveria bassiana (3, 3)
  Blumeria graminis (4, 4)   Bos taurus (32, 32)   Brachypodium distachyon (6, 6)
  Brassica napus (5, 5)   Brassica oleracea (7, 7)   Brassica rapa (7, 7)
  Caenorhabditis elegans (10, 10)   Callithrix jacchus (32, 32)   Canis familiaris (31, 31)
  Carlito syrichta (26, 26)   Cavia porcellus (31, 31)   Cercocebus atys (31, 31)
  Chlamydomonas reinhardtii (4, 4)   Chlorocebus sabaeus (31, 31)   Chondrus crispus (2, 2)
  Ciona intestinalis (12, 12)   Ciona savignyi (10, 10)   Colletotrichum gloeosporioides (4, 4)
  Colletotrichum graminicola (3, 3)   Colletotrichum orbiculare (4, 4)   Corchorus capsularis (4, 4)
  Cryptococcus neoformans (4, 4)   Cucumis sativus (6, 6)   Cyanidioschyzon merolae (2, 2)
  Danio rerio (21, 21)   Daucus carota (7, 7)   Dipodomys ordii (32, 32)
  Dothistroma septosporum (5, 5)   Drosophila melanogaster (11, 11)   Equus caballus (32, 32)
  Erinaceus europaeus (10, 10)   Felis catus (31, 31)   Ficedula albicollis (22, 22)
  Fukomys damarensis (31, 31)   Fusarium oxysporum (4, 4)   Fusarium solani (4, 4)
  Fusarium verticillioides (4, 4)   Gaeumannomyces graminis (4, 4)   Galdieria sulphuraria (4, 4)
  Gallus gallus (23, 23)   Gasterosteus aculeatus (23, 23)   Glycine max (6, 6)
  Gorilla gorilla (29, 29)   Gossypium raimondii (6, 6)   Helianthus annuus (5, 5)
  Homo sapiens (35, 1)   Hordeum vulgare (5, 5)   Ictalurus punctatus (22, 22)
  Ictidomys tridecemlineatus (32, 32)   Komagataella pastoris (4, 4)   Latimeria chalumnae (28, 28)
  Leersia perrieri (6, 6)   Lepisosteus oculatus (20, 20)   Leptosphaeria maculans (4, 4)
  Loxodonta africana (32, 32)   Macaca fascicularis (31, 31)   Macaca mulatta (32, 32)
  Macaca nemestrina (33, 33)   Magnaporthe oryzae (4, 4)   Magnaporthe poae (3, 3)
  Mandrillus leucophaeus (30, 30)   Manihot esculenta (6, 6)   Medicago truncatula (6, 6)
  Melampsora laricipopulina (5, 5)   Meleagris gallopavo (15, 15)   Mesocricetus auratus (30, 30)
  Microbotryum violaceum (4, 4)   Monodelphis domestica (26, 26)   Musa acuminata (5, 5)
  Mustela putorius furo (32, 32)   Mus musculus (34, 32)   Myotis lucifugus (30, 30)
  Neosartorya fischeri (4, 4)   Neurospora crassa (4, 4)   Nicotiana attenuata (6, 6)
  Nomascus leucogenys (33, 33)   Oreochromis niloticus (24, 24)   Ornithorhynchus anatinus (21, 21)
  Oryctolagus cuniculus (25, 25)   Oryza barthii (5, 5)   Oryza brachyantha (6, 6)
  Oryza glaberrima (6, 6)   Oryza glumaepatula (6, 6)   Oryza indica (6, 6)
  Oryza meridionalis (6, 6)   Oryza nivara (6, 6)   Oryza punctata (6, 6)
  Oryza rufipogon (6, 6)   Oryza sativa (5, 5)   Oryzias latipes (22, 22)
  Ostreococcus lucimarinus (4, 4)   Otolemur garnettii (29, 29)   Ovis aries (24, 24)
  Pan paniscus (31, 31)   Pan troglodytes (33, 33)   Papio anubis (30, 30)
  Pelodiscus sinensis (23, 23)   Phaeosphaeria nodorum (4, 4)   Phaseolus vulgaris (8, 8)
  Physcomitrella patens (6, 6)   Poecilia formosa (21, 21)   Pongo abelii (33, 33)
  Populus trichocarpa (6, 6)   Prunus persica (6, 6)   Puccinia graminis (4, 4)
  Puccinia triticina (3, 3)   Pyrenophora teres (4, 4)   Pyrenophora triticirepentis (4, 4)
  Rattus norvegicus (31, 31)   Rhinopithecus bieti (32, 32)   Saccharomyces cerevisiae (3, 3)
  Sarcophilus harrisii (29, 29)   Schizosaccharomyces cryophilus (4, 4)   Schizosaccharomyces japonicus (4, 4)
  Schizosaccharomyces pombe (4, 4)   Scleropages formosus (20, 20)   Sclerotinia sclerotiorum (3, 3)
  Scophthalmus maximus (22, 22)   Selaginella moellendorffii (7, 7)   Setaria italica (7, 7)
  Solanum lycopersicum (5, 5)   Solanum tuberosum (4, 4)   Sorghum bicolor (5, 5)
  Sporisorium reilianum (4, 4)   Sus scrofa (34, 34)   Taeniopygia guttata (21, 21)
  Takifugu rubripes (21, 21)   Tetraodon nigroviridis (23, 23)   Theobroma cacao (6, 6)
  Trichoderma reesei (4, 4)   Trichoderma virens (4, 4)   Triticum aestivum (7, 7)
  Triticum urartu (3, 3)   Tuber melanosporum (4, 4)   Tursiops truncatus (12, 12)
  Ursus maritimus (28, 28)   Ustilago maydis (4, 4)   Verticillium dahliae (4, 4)
  Vigna angularis (7, 7)   Vigna radiata (5, 5)   Vitis vinifera (6, 6)
  Xenopus tropicalis (25, 25)   Xiphophorus maculatus (20, 20)   Yarrowia lipolytica (4, 4)
  Zea mays (6, 6)   Zymoseptoria tritici (4, 4)