Callithrix jacchus      Nuclear speckle


※ Nuclear speckle introduction

    Nuclear speckles or splicing speckles, also known as interchromatin granule clusters, are membrane-less nuclear organelles enriched in pre-mRNA splicing and transcription factors and play important roles in RNA metabolism, such as transcription, pre-mRNA splicing, 3′-end mRNA processing, and execution of mRNA nuclear export (1; 2). They are dynamic subnuclear structures, and their size, shape, and number can vary accompanied with RNA regulation, nuclear speckles disperse in high activity of mRNA processing when transcription or pre-mRNA splicing is inhibited, GSK-3β can regulate assembly of nuclear speckles (2). Because many naturally intronless mRNAs, including eight exogenously expressed and four endogenous ones, are proved to be associate with NSs, So Nuclear speckles (NSs) are thought to serve as splicing factor storage sites (3).

Reference
1. Lee, K. H., Zhang, P., Kim, H. J., Mitrea, D. M., Sarkar, M., Freibaum, B. D., et al. (2016) C9orf72 Dipeptide Repeats Impair the Assembly, Dynamics, and Function of Membrane-Less Organelles. Cell, 167(3), 774-788 e717. PMID: 27768896
2. Wang, K., Wang, L., Wang, J., Chen, S., Shi, M., & Cheng, H. (2018) Intronless mRNAs transit through nuclear speckles to gain export competence. J Cell Biol, 217(11), 3912-3929. PMID: 30194269
3. An, Y., Zou, Y., Cao, Y., Yao, M., Ma, N., Wu, Y., et al. (2019) The nuclear GSK-3beta regulated post-transcriptional processing of mRNA through phosphorylation of SC35. Mol Cell Biochem, 451(1-2), 55-67. PMID: 30030778


There are 121 genes.  Reviewed (0 or Unreviewed (121

No.StatusDrLLPS IDEnsemble Gene IDUniProt AccessionGene Name
1
LLPS-Caj-0567
ENSCJAG00000015265.2
F7BRM3
2
LLPS-Caj-0834
ENSCJAG00000013206.3
F7G260
3
LLPS-Caj-0847
ENSCJAG00000003742.2
A0A2R8MUG3
4
LLPS-Caj-1118
ENSCJAG00000020162.3
F6X677
5
LLPS-Caj-2205
ENSCJAG00000041713.1
F7BF24
6
LLPS-Caj-3943
ENSCJAG00000004407.2
A0A2R8MUZ5
7
LLPS-Caj-1086
ENSCJAG00000004132.3
A0A2R8MI44
AGO2
8
LLPS-Caj-0098
ENSCJAG00000041692.1
A0A2R8MLW7
AKAP17A
9
LLPS-Caj-3822
ENSCJAG00000039942.1
U3DEP7
ALYREF
10
LLPS-Caj-3091
ENSCJAG00000004702.3
F7HMN3
ANXA10
11
LLPS-Caj-0278
ENSCJAG00000003888.3
F6QR06
ANXA2
12
LLPS-Caj-2660
ENSCJAG00000016476.3
F6Y6B1
ARL6IP4
13
LLPS-Caj-2151
ENSCJAG00000001797.3
F7E9U4
ATR
14
LLPS-Caj-3826
ENSCJAG00000020318.3
F7CRF5
C1H9orf78
15
LLPS-Caj-1736
ENSCJAG00000006228.3
F7IB22
CARM1
16
LLPS-Caj-0737
ENSCJAG00000016032.3
U3F3U6
CASC3
17
LLPS-Caj-1270
ENSCJAG00000004692.3
U3EKH4
CCNL1
18
LLPS-Caj-0325
ENSCJAG00000012210.2
F7ISF5
CDC5L
19
LLPS-Caj-0251
ENSCJAG00000007001.3
F7B392
CDK1
20
LLPS-Caj-2343
ENSCJAG00000016093.3
F7IRE4
CDK7
21
LLPS-Caj-0253
ENSCJAG00000019868.3
U3DPZ7
CDK9
22
LLPS-Caj-3818
ENSCJAG00000005834.3
F7ID12
CDKL5
23
LLPS-Caj-3219
ENSCJAG00000008447.4
F7H9U4
CLK2
24
LLPS-Caj-0852
ENSCJAG00000008662.3
A0A2R8MDK6
COP1
25
LLPS-Caj-2589
ENSCJAG00000021121.3
F7HFK8
CSNK1A1
26
LLPS-Caj-1624
ENSCJAG00000021507.3
F7IJC1
CTNNBL1
27
LLPS-Caj-1164
ENSCJAG00000003152.3
F7HKP7
DDX39B
28
LLPS-Caj-1508
ENSCJAG00000005697.3
F7I8F7
DDX46
29
LLPS-Caj-2468
ENSCJAG00000010780.3
F6Z8W8
DGCR8
30
LLPS-Caj-1894
ENSCJAG00000004666.3
U3EIQ5
DNAJB1
31
LLPS-Caj-2685
ENSCJAG00000020803.2
F7IKX6
DNAJC17
32
LLPS-Caj-3683
ENSCJAG00000018585.3
F7IFK0
DYRK3
33
LLPS-Caj-2068
ENSCJAG00000003982.3
F6T5D5
EGF
34
LLPS-Caj-1858
ENSCJAG00000014940.2
F7ELJ3
ERH
35
LLPS-Caj-1464
ENSCJAG00000040122.1
A0A2R8P360
FAM76B
36
LLPS-Caj-4750
ENSCJAG00000021492.3
U3D526
FAM83H
37
LLPS-Caj-0381
ENSCJAG00000016294.3
F6S059
FANCD2
38
LLPS-Caj-3620
ENSCJAG00000012809.4
F7I3V8
FANCI
39
LLPS-Caj-3882
ENSCJAG00000000010.2
U3FR49
FBXL18
40
LLPS-Caj-1584
ENSCJAG00000002394.4
F6YNK3
FGFR1
41
LLPS-Caj-2418
ENSCJAG00000002274.3
F7CMM6
FRMD8
42
LLPS-Caj-2825
ENSCJAG00000003169.3
F7HVN9
FUS
43
LLPS-Caj-0514
ENSCJAG00000016488.3
F7D7P1
FYTTD1
44
LLPS-Caj-1963
ENSCJAG00000007690.2
F7IQX0
GLI3
45
LLPS-Caj-2551
ENSCJAG00000008783.3
F6V0J0
GSK3B
46
LLPS-Caj-4113
ENSCJAG00000019202.3
F7GXG2
HIF1A
47
LLPS-Caj-0443
ENSCJAG00000012019.3
F6YAQ5
HIF3A
48
LLPS-Caj-1895
ENSCJAG00000013263.3
A0A2R8MZV9
HIPK2
49
LLPS-Caj-1317
ENSCJAG00000007908.3
F7HPZ0
HNRNPA2B1
50
LLPS-Caj-1424
ENSCJAG00000003750.3
F7IK44
HNRNPK
51
LLPS-Caj-0924
ENSCJAG00000039527.1
F6W7H3
HSPA6
52
LLPS-Caj-4617
ENSCJAG00000018597.3
F7IPT8
HSPH1
53
LLPS-Caj-2269
ENSCJAG00000010264.3
F6SK38
ILF2
54
LLPS-Caj-1213
ENSCJAG00000006374.3
U3DD57
ILF3
55
LLPS-Caj-2428
ENSCJAG00000005584.3
F7AAB1
IVNS1ABP
56
LLPS-Caj-3825
ENSCJAG00000038388.1
A0A2R8MTS4
LOC100388387
57
LLPS-Caj-0367
ENSCJAG00000018864.3
F7IDN2
LOC100413454
58
LLPS-Caj-4065
ENSCJAG00000012448.2
F7HWK9
LOC100414058
59
LLPS-Caj-0759
ENSCJAG00000011674.3
F6PSJ6
LUC7L
60
LLPS-Caj-1730
ENSCJAG00000013198.3
F7EI42
LUC7L2
61
LLPS-Caj-4241
ENSCJAG00000042378.1
F7ID78
MAGOH
62
LLPS-Caj-1093
ENSCJAG00000019403.3
F7G3B6
NAGK
63
LLPS-Caj-1631
ENSCJAG00000004941.4
U3EZK7
NKAP
64
LLPS-Caj-0860
ENSCJAG00000036744.2
U3F519
NONO
65
LLPS-Caj-1885
ENSCJAG00000017616.3
F7HBU1
NOSIP
66
LLPS-Caj-3684
ENSCJAG00000006624.3
A0A2R8M2H9
NR5A1
67
LLPS-Caj-1816
ENSCJAG00000013710.3
F6YHK4
NSRP1
68
LLPS-Caj-1525
ENSCJAG00000040262.1
U3FI08
NUAK2
69
LLPS-Caj-1285
ENSCJAG00000018635.3
F7ABX7
NXF1
70
LLPS-Caj-3664
ENSCJAG00000016101.4
F7HKW6
OGG1
71
LLPS-Caj-2488
ENSCJAG00000001846.3
F7H4V0
PLRG1
72
LLPS-Caj-2311
ENSCJAG00000016291.3
U3BJN4
PNN
73
LLPS-Caj-1667
ENSCJAG00000006612.3
F7FB08
PPIG
74
LLPS-Caj-3068
ENSCJAG00000016509.3
U3EI55
PRPF19
75
LLPS-Caj-0871
ENSCJAG00000001911.3
F7H9Y0
PRPF8
76
LLPS-Caj-1352
ENSCJAG00000018732.2
F7IS34
PSMA3
77
LLPS-Caj-0319
ENSCJAG00000004554.3
F7I3U8
PSPC1
78
LLPS-Caj-4154
ENSCJAG00000008301.3
A0A2R8MSX2
RAPGEF1
79
LLPS-Caj-2087
ENSCJAG00000020573.3
F7INM9
RBM17
80
LLPS-Caj-0843
ENSCJAG00000008482.3
F7GP57
RBM23
81
LLPS-Caj-0183
ENSCJAG00000002436.3
F6WTD1
RBMX2
82
LLPS-Caj-2146
ENSCJAG00000014969.3
F7CTS4
RNPS1
83
LLPS-Caj-0200
ENSCJAG00000007853.3
F7I4G5
SARNP
84
LLPS-Caj-1558
ENSCJAG00000002780.3
F7FVI5
SF1
85
LLPS-Caj-0943
ENSCJAG00000010370.3
F6QQU4
SF3A1
86
LLPS-Caj-0899
ENSCJAG00000002176.3
F6YRE4
SF3A3
87
LLPS-Caj-1762
ENSCJAG00000003902.3
F6R058
SF3B1
88
LLPS-Caj-0389
ENSCJAG00000001431.3
U3F5E8
SFPQ
89
LLPS-Caj-2170
ENSCJAG00000002088.3
F7I1B6
SMAD3
90
LLPS-Caj-1734
ENSCJAG00000007514.3
F7IBV6
SNRNP200
91
LLPS-Caj-4526
ENSCJAG00000007131.3
F6YHW8
SNRNP35
92
LLPS-Caj-2098
ENSCJAG00000000193.3
F7D867
SNRNP70
93
LLPS-Caj-0977
ENSCJAG00000014865.3
U3D8G0
SNRPA
94
LLPS-Caj-0158
ENSCJAG00000017268.3
F7IJG0
SNRPA1
95
LLPS-Caj-2838
ENSCJAG00000004811.3
F7B808
SNRPB2
96
LLPS-Caj-0177
ENSCJAG00000046975.1
B0VXG9
SON
97
LLPS-Caj-1874
ENSCJAG00000045260.1
F6X846
SPOP
98
LLPS-Caj-1693
ENSCJAG00000020822.3
F7H227
SRRM1
99
LLPS-Caj-1541
ENSCJAG00000015354.3
F6Q093
SRRM2
100
LLPS-Caj-4255
ENSCJAG00000044116.1
F7HZN9
SRSF10
101
LLPS-Caj-1295
ENSCJAG00000017704.3
A0A2R8N5T4
SRSF11
102
LLPS-Caj-1978
ENSCJAG00000038575.1
A0A2R8MW32
SRSF12
103
LLPS-Caj-1336
ENSCJAG00000041154.1
F7IJZ7
SRSF2
104
LLPS-Caj-0893
ENSCJAG00000016062.3
F7I9Z5
SRSF3
105
LLPS-Caj-0550
ENSCJAG00000047192.1
F7DZA4
SRSF4
106
LLPS-Caj-1555
ENSCJAG00000015185.3
F7FB03
SRSF7
107
LLPS-Caj-2169
ENSCJAG00000001187.2
U3BL02
SRSF9
108
LLPS-Caj-3055
ENSCJAG00000000409.4
U3BQV2
STAT3
109
LLPS-Caj-2845
ENSCJAG00000047154.1
A0A2R8MNJ7
SUMO1
110
LLPS-Caj-2560
ENSCJAG00000021552.3
F7I514
TAP1
111
LLPS-Caj-1239
ENSCJAG00000011244.3
F7H653
TGFBR1
112
LLPS-Caj-3129
ENSCJAG00000014710.3
F6ZDN6
TRA2B
113
LLPS-Caj-2663
ENSCJAG00000012923.3
F7GC94
TTC14
114
LLPS-Caj-0298
ENSCJAG00000017128.3
U3DD43
U2AF2
115
LLPS-Caj-2725
ENSCJAG00000001639.3
U3EW36
U2SURP
116
LLPS-Caj-0217
ENSCJAG00000008877.3
F7A6J3
XPO1
117
LLPS-Caj-3661
ENSCJAG00000009934.3
A0A2R8PI86
YTHDC1
118
LLPS-Caj-2261
ENSCJAG00000006671.3
F6U8L0
ZC3H11A
119
LLPS-Caj-1786
ENSCJAG00000003012.3
A0A2R8M5R6
ZNF106
120
LLPS-Caj-3958
ENSCJAG00000001280.3
F6Z4Q0
ZNF131
121
LLPS-Caj-1922
ENSCJAG00000002695.3
F6WQ51
ZNF688